Pri čerpaní prostriedkov z priamo riadených programoch EÚ riadenie aj rozhodovanie je na EK, resp. v agentúre HaDEA, t.j. predstavuje to menej administratívnej záťaže pre národné ministerstvá.
Projekty sa podávajú cez tzv. „call for proposals“, ktoré vyhlasuje priamo EK na témy schválené v pracovnom programe. Víťazné projekty vyberá EK transparentne s pomocou nezávislých hodnotiteľov podľa vopred stanovených kritérií. Forma podpory býva najčastejšie finančný grant, ktorého výška zvyčajne nepresahuje 75% projektových nákladov.
Výzvy na predkladanie projektov a financovanie je administratívne menej náročné, pričom projektový cyklus je štatisticky oveľa rýchlejší ako pri Fondoch EÚ. Prostriedky priamo riadených programov nepodliehajú pravidlám štátnej pomoci, t.j. pre ministerstvá odpadá zdĺhavá administrácia schém a výziev.
